Doanh nghiệp mới thành lập phải thực hiện những nghĩa vụ thuế nào? (Cập nhật mới nhất 2026)

1. Tổng quan về nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp

Sau khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, tổ chức kinh doanh chính thức phát sinh nghĩa vụ thuế đối với Nhà nước. Đây là trách nhiệm bắt buộc, không phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã có doanh thu hay chưa. Nhiều doanh nghiệp mới thường nhầm lẫn rằng chỉ khi hoạt động kinh doanh có lợi nhuận mới phải nộp thuế, tuy nhiên trên thực tế, ngay cả khi chưa phát sinh doanh thu, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai thuế định kỳ theo quy định.

Tùy thuộc vào loại hình doanh nghiệp, lĩnh vực hoạt động và quy mô kinh doanh, nghĩa vụ thuế có thể khác nhau. Tuy nhiên, về cơ bản, đa số doanh nghiệp mới thành lập tại Việt Nam đều phải thực hiện một số loại thuế và khoản thu bắt buộc như: lệ phí môn bài, thuế giá trị gia tăng (VAT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) nếu có sử dụng lao động.

Ngoài việc nộp thuế, doanh nghiệp còn có trách nhiệm kê khai thuế đúng hạn, sử dụng hóa đơn hợp pháp, lưu trữ chứng từ kế toán và thực hiện quyết toán thuế theo năm. Việc tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ này không chỉ giúp doanh nghiệp tránh bị xử phạt mà còn tạo nền tảng pháp lý vững chắc cho hoạt động lâu dài.

Do đó, ngay từ khi mới thành lập, doanh nghiệp cần chủ động tìm hiểu và xây dựng hệ thống kế toán – thuế bài bản để đảm bảo hoạt động đúng quy định pháp luật.

2. Lệ phí môn bài

Lệ phí môn bài là khoản thu bắt buộc mà doanh nghiệp phải nộp định kỳ hàng năm căn cứ vào vốn điều lệ ghi trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Đây là loại lệ phí đầu tiên mà doanh nghiệp cần quan tâm ngay sau khi thành lập, dù chưa phát sinh hoạt động kinh doanh thực tế.

Hiện nay, mức lệ phí môn bài được chia theo bậc vốn điều lệ. Cụ thể, doanh nghiệp có vốn điều lệ trên 10 tỷ đồng phải nộp 3.000.000 đồng/năm; doanh nghiệp có vốn điều lệ từ 10 tỷ đồng trở xuống nộp 2.000.000 đồng/năm. Đối với chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh, mức lệ phí là 1.000.000 đồng/năm.

Một điểm đáng lưu ý là doanh nghiệp mới thành lập sẽ được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên (tính từ ngày được cấp giấy phép). Đây là chính sách hỗ trợ quan trọng giúp giảm chi phí ban đầu cho doanh nghiệp khởi nghiệp. Tuy nhiên, từ năm thứ hai trở đi, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp lệ phí môn bài đúng thời hạn, chậm nhất là ngày 30/01 hàng năm.

Trường hợp doanh nghiệp không nộp đúng hạn có thể bị xử phạt hành chính và tính tiền chậm nộp. Vì vậy, dù là khoản phí không lớn, nhưng việc thực hiện đúng quy định về lệ phí môn bài là rất cần thiết để tránh những rủi ro pháp lý không đáng có.

3. Thuế giá trị gia tăng (VAT)

Thuế giá trị gia tăng (VAT) là một trong những loại thuế quan trọng mà hầu hết doanh nghiệp đều phải kê khai và nộp trong quá trình hoạt động. Đây là loại thuế gián thu, được tính trên phần giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình sản xuất, kinh doanh và được người tiêu dùng cuối cùng là người chịu thuế.

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, có hai phương pháp tính thuế VAT phổ biến là phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp. Phương pháp khấu trừ áp dụng với doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ; theo đó, số thuế phải nộp được xác định bằng thuế đầu ra trừ thuế đầu vào. Trong khi đó, phương pháp trực tiếp thường áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ, tính thuế theo tỷ lệ % trên doanh thu.

Về thuế suất, VAT hiện có ba mức chính: 0% (áp dụng với hàng xuất khẩu), 5% (đối với một số hàng hóa thiết yếu) và 10% (mức phổ biến). Doanh nghiệp cần xác định đúng loại hàng hóa, dịch vụ để áp dụng mức thuế suất phù hợp.

Ngoài ra, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế VAT theo tháng hoặc theo quý, tùy theo quy mô. Đối với doanh nghiệp mới, thường áp dụng kê khai theo quý để giảm áp lực thủ tục ban đầu. Việc kê khai và nộp thuế đúng hạn là yêu cầu bắt buộc nhằm tránh bị xử phạt hành chính.

4. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là loại thuế trực thu, đánh vào phần lợi nhuận mà doanh nghiệp thu được sau khi đã trừ đi các chi phí hợp lý, hợp lệ trong quá trình hoạt động sản xuất, kinh doanh. Đây là một trong những nghĩa vụ thuế quan trọng, phản ánh trực tiếp hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp.

Cách xác định thuế TNDN phải nộp được tính theo công thức: Thuế TNDN = Thu nhập chịu thuế × Thuế suất. Trong đó, thu nhập chịu thuế được xác định bằng doanh thu trừ đi các khoản chi phí được trừ và các khoản lỗ được kết chuyển theo quy định. Việc xác định đúng chi phí hợp lý là yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu số thuế phải nộp.

Hiện nay, mức thuế suất thuế TNDN phổ thông là 20%. Tuy nhiên, đối với một số lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc doanh nghiệp hoạt động trong khu vực đặc biệt, mức thuế suất có thể thấp hơn theo chính sách khuyến khích của Nhà nước.

Một điểm cần lưu ý là doanh nghiệp chỉ phải nộp thuế TNDN khi có lợi nhuận. Trường hợp doanh nghiệp bị lỗ thì không phải nộp thuế, nhưng vẫn phải thực hiện kê khai đầy đủ theo quy định. Ngoài ra, doanh nghiệp còn phải tạm nộp thuế theo quý và thực hiện quyết toán thuế vào cuối năm tài chính. Việc tuân thủ đúng quy định về thuế TNDN sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về pháp lý và tài chính.

5. Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Thuế thu nhập cá nhân (TNCN) là loại thuế mà doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay cho người lao động khi phát sinh thu nhập từ tiền lương, tiền công. Đây là nghĩa vụ quan trọng đối với các doanh nghiệp có sử dụng nhân sự, kể cả khi quy mô nhỏ.

Theo quy định, khi trả thu nhập cho người lao động, doanh nghiệp phải xác định mức thu nhập chịu thuế, áp dụng các khoản giảm trừ (như giảm trừ gia cảnh, bảo hiểm bắt buộc…) để tính số thuế TNCN cần khấu trừ. Sau đó, doanh nghiệp thực hiện kê khai và nộp khoản thuế này cho cơ quan thuế theo đúng thời hạn.

Các khoản thu nhập chịu thuế TNCN bao gồm tiền lương, tiền công, tiền thưởng và một số khoản phụ cấp khác (trừ các khoản được miễn theo quy định). Tùy vào mức thu nhập, người lao động sẽ chịu thuế theo biểu thuế lũy tiến từng phần.

Doanh nghiệp có thể thực hiện kê khai thuế TNCN theo tháng hoặc theo quý, tùy thuộc vào số thuế phát sinh. Cuối năm, doanh nghiệp còn phải thực hiện quyết toán thuế TNCN cho người lao động (nếu được ủy quyền).

Việc thực hiện đúng nghĩa vụ thuế TNCN không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn đảm bảo quyền lợi hợp pháp cho người lao động, tránh các tranh chấp phát sinh liên quan đến thu nhập và nghĩa vụ tài chính.

6. Các loại thuế khác doanh nghiệp có thể phải nộp

Ngoài các loại thuế cơ bản như lệ phí môn bài, thuế giá trị gia tăng (VAT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN), trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp còn có thể phát sinh thêm một số loại thuế khác tùy theo ngành nghề và lĩnh vực kinh doanh cụ thể.

Trước hết, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sẽ áp dụng đối với các doanh nghiệp có hoạt động mua bán hàng hóa qua biên giới. Mức thuế này phụ thuộc vào từng loại hàng hóa và biểu thuế do Nhà nước quy định.

Tiếp theo là thuế tiêu thụ đặc biệt, áp dụng đối với các mặt hàng hoặc dịch vụ mà Nhà nước cần điều tiết như rượu, bia, thuốc lá, ô tô, kinh doanh casino, dịch vụ giải trí có thưởng,… Doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực này cần đặc biệt lưu ý vì mức thuế thường khá cao.

Ngoài ra, một số doanh nghiệp còn phải nộp thuế tài nguyên nếu khai thác tài nguyên thiên nhiên như khoáng sản, cát, đá,… hoặc thuế bảo vệ môi trường đối với các sản phẩm gây tác động xấu đến môi trường như xăng dầu, túi ni lông khó phân hủy.

Như vậy, tùy vào đặc thù hoạt động, nghĩa vụ thuế của mỗi doanh nghiệp có thể khác nhau. Do đó, doanh nghiệp cần xác định rõ ngành nghề kinh doanh của mình để thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ thuế phát sinh, tránh bỏ sót dẫn đến rủi ro pháp lý.

7. Các nghĩa vụ liên quan khác về thuế

Bên cạnh việc nộp các loại thuế theo quy định, doanh nghiệp mới thành lập còn phải thực hiện nhiều nghĩa vụ liên quan khác để đảm bảo tuân thủ đầy đủ pháp luật về thuế và kế toán. Đây là những công việc mang tính bắt buộc, có ảnh hưởng trực tiếp đến tính minh bạch và hợp pháp trong hoạt động kinh doanh.

Trước hết, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế định kỳ theo tháng hoặc theo quý, kể cả trong trường hợp không phát sinh doanh thu. Việc kê khai “0 đồng” vẫn là nghĩa vụ bắt buộc, nếu không thực hiện đúng hạn có thể bị xử phạt hành chính.

Tiếp theo, doanh nghiệp cần thực hiện quyết toán thuế vào cuối năm tài chính. Đây là bước tổng hợp toàn bộ số liệu về doanh thu, chi phí, thu nhập và số thuế đã tạm nộp trong năm để xác định nghĩa vụ thuế thực tế.

Ngoài ra, việc sử dụng hóa đơn điện tử cũng là yêu cầu bắt buộc hiện nay. Doanh nghiệp phải đăng ký phát hành hóa đơn, lập và xuất hóa đơn đúng quy định khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Đồng thời, cần lưu trữ đầy đủ chứng từ kế toán để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra thuế khi cần thiết.

Việc thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ này không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý mà còn góp phần xây dựng uy tín, tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển lâu dài.

8. Những sai lầm phổ biến của doanh nghiệp mới

Trong giai đoạn mới thành lập, do chưa có nhiều kinh nghiệm và hiểu biết đầy đủ về pháp luật thuế, nhiều doanh nghiệp thường mắc phải những sai lầm đáng tiếc. Những lỗi này tuy phổ biến nhưng có thể dẫn đến các khoản phạt không nhỏ, thậm chí ảnh hưởng đến hoạt động lâu dài của doanh nghiệp.

Một trong những sai lầm thường gặp là không kê khai thuế khi chưa phát sinh doanh thu. Nhiều chủ doanh nghiệp cho rằng chưa kinh doanh thì không cần kê khai, tuy nhiên theo quy định, doanh nghiệp vẫn phải nộp tờ khai thuế định kỳ, kể cả khi số liệu là “0”.

Bên cạnh đó, việc chậm nộp tờ khai hoặc chậm nộp thuế cũng là lỗi phổ biến. Điều này có thể khiến doanh nghiệp bị xử phạt hành chính và tính tiền chậm nộp theo từng ngày, gây phát sinh chi phí không cần thiết.

Một sai lầm khác là không xuất hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ. Đây là hành vi vi phạm nghiêm trọng, có thể bị xử phạt nặng và bị truy thu thuế. Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp cũng chưa chú trọng đến việc lưu trữ chứng từ kế toán đầy đủ, dẫn đến khó khăn khi quyết toán hoặc bị cơ quan thuế kiểm tra.

Do đó, việc trang bị kiến thức về thuế ngay từ đầu hoặc sử dụng dịch vụ kế toán chuyên nghiệp là giải pháp cần thiết giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro và vận hành hiệu quả hơn.

9. Mức xử phạt khi vi phạm nghĩa vụ thuế

Trong quá trình hoạt động, nếu doanh nghiệp không thực hiện đúng và đầy đủ nghĩa vụ thuế theo quy định, sẽ phải đối mặt với các chế tài xử phạt hành chính hoặc nghiêm trọng hơn là trách nhiệm pháp lý khác. Mức xử phạt sẽ tùy thuộc vào tính chất, mức độ vi phạm và thời gian chậm trễ.

Đối với hành vi chậm nộp tờ khai thuế, doanh nghiệp có thể bị phạt từ vài triệu đồng đến hàng chục triệu đồng, tùy theo số ngày chậm và mức độ vi phạm. Đây là lỗi khá phổ biến ở các doanh nghiệp mới do chưa quen với lịch kê khai định kỳ.

Trường hợp chậm nộp tiền thuế, ngoài việc phải nộp đủ số thuế còn thiếu, doanh nghiệp còn phải chịu thêm tiền chậm nộp, được tính theo tỷ lệ phần trăm trên số tiền thuế chậm nộp và số ngày chậm.

Nghiêm trọng hơn, nếu doanh nghiệp có hành vi trốn thuế hoặc gian lận thuế, như không kê khai doanh thu, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp hoặc khai sai nhằm giảm số thuế phải nộp, thì có thể bị xử phạt rất nặng. Ngoài việc bị truy thu thuế, doanh nghiệp còn có thể bị phạt tiền nhiều lần số thuế trốn, thậm chí bị truy cứu trách nhiệm hình sự trong một số trường hợp.

Vì vậy, việc tuân thủ đúng quy định về thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro tài chính mà còn bảo vệ uy tín và hoạt động kinh doanh lâu dài.

Xem thêm tại: Con dâu có được hưởng thừa kế không? Quy định mới nhất 2026

Kết luận

Việc nắm rõ doanh nghiệp mới thành lập phải đóng những loại thuế nào là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp vận hành đúng pháp luật ngay từ giai đoạn đầu. Trên thực tế, các nghĩa vụ thuế cơ bản mà doanh nghiệp cần thực hiện bao gồm: lệ phí môn bài, thuế giá trị gia tăng (VAT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) nếu có phát sinh trả thu nhập cho người lao động. Bên cạnh đó, tùy theo ngành nghề kinh doanh, doanh nghiệp có thể phải nộp thêm các loại thuế khác như thuế xuất nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc thuế bảo vệ môi trường.