Tranh chấp thuế nhập khẩu – xuất khẩu: Khi nào doanh nghiệp được miễn, giảm hoặc hoàn thuế?
1. Giới thiệu: Vì sao doanh nghiệp thường xảy ra tranh chấp về thuế nhập khẩu – xuất khẩu?
Trong hoạt động xuất nhập khẩu, thuế là một trong những yếu tố quyết định chi phí, giá thành và khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp. Tuy nhiên, thực tế cho thấy rất nhiều doanh nghiệp gặp tranh chấp với cơ quan hải quan về việc miễn thuế, giảm thuế, không chịu thuế hoặc hoàn thuế.
Nguyên nhân đến từ:
-
Hồ sơ chứng từ không đầy đủ
-
Sai thời hạn nộp chứng từ
-
Hiểu nhầm quy định về đối tượng được miễn/giảm/hoàn thuế
-
Bị ấn định thuế hoặc bác hồ sơ hoàn thuế
-
Kiểm tra sau thông quan dẫn đến truy thu
Bài viết dưới đây giúp doanh nghiệp hiểu rõ khi nào được miễn, giảm hoặc hoàn thuế, cũng như cách xử lý tranh chấp đúng quy định pháp luật năm 2025.
2. Các trường hợp doanh nghiệp được miễn thuế nhập khẩu – xuất khẩu
Miễn thuế là chính sách quan trọng giúp doanh nghiệp giảm chi phí trong hoạt động xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, đây cũng là nhóm thủ tục dễ phát sinh tranh chấp nhất vì mỗi loại hàng hóa, mục đích sử dụng và hình thức nhập khẩu đều có quy định khác nhau. Dưới đây là các trường hợp doanh nghiệp thường được miễn thuế theo quy định hiện hành.

2.1. Hàng hóa tạm nhập – tái xuất, tạm xuất – tái nhập
Doanh nghiệp được miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu hoặc xuất khẩu theo hình thức tạm thời, gồm:
-
Máy móc, thiết bị phục vụ thi công công trình.
-
Hàng mẫu, hàng trưng bày triển lãm, hội chợ.
-
Hàng hóa thuê – mượn giữa các doanh nghiệp.
Điều kiện miễn thuế:
-
Có hợp đồng hoặc văn bản chứng minh mục đích tạm nhập – tạm xuất.
-
Hàng hóa phải được tái xuất hoặc tái nhập đúng thời hạn.
-
Có biên bản kiểm tra, xác nhận của cơ quan hải quan.
Lý do phát sinh tranh chấp:
-
Quá hạn tái xuất dẫn đến bị truy thu thuế.
-
Hồ sơ không đủ căn cứ chứng minh mục đích tạm nhập.
-
Mất hàng, hư hỏng hàng trong thời gian tạm nhập.
Xem thêm: https://luattamduc.vn/hoa-don-dien-tu-quan-ly-thue-thue-vat-gtgt/
2.2. Miễn thuế cho nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu
Doanh nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu đối với:
-
Nguyên liệu
-
Vật tư
-
Linh kiện
-
Phụ liệu
sử dụng để sản xuất hàng xuất khẩu.
Điều kiện miễn thuế:
-
Doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hợp pháp.
-
Có hợp đồng xuất khẩu hoặc đơn hàng quốc tế.
-
Thực hiện quyết toán định mức nguyên liệu theo quy định.
Tranh chấp thường gặp:
-
Không chứng minh được hàng đã xuất khẩu thực tế.
-
Chứng từ thanh toán quốc tế không hợp lệ.
-
Sai lệch giữa số liệu hải quan và thực tế sản xuất.
-
Chậm quyết toán dẫn đến bị ấn định thuế.
2.3. Miễn thuế đối với doanh nghiệp chế xuất (EPE)
Doanh nghiệp chế xuất được miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để phục vụ hoạt động sản xuất trong khu chế xuất.
Các trường hợp miễn thuế:
-
Nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị dùng trong dây chuyền sản xuất.
-
Hàng hóa đặc thù phục vụ sản xuất xuất khẩu.
Rủi ro dễ xảy ra tranh chấp:
-
Mua bán nội địa nhưng không khai báo thuế đúng quy định.
-
Xử lý, tiêu hủy phế liệu/phế phẩm không đúng thủ tục.
-
Thanh lý tài sản mà không thực hiện khai báo thuế theo quy định.
2.4. Miễn thuế theo Hiệp định thương mại tự do (FTA)
Các hiệp định như CPTPP, EVFTA, RCEP, ACFTA… cho phép hàng hóa nhập khẩu được miễn hoặc giảm mạnh thuế nhập khẩu nếu đáp ứng quy tắc xuất xứ.
Điều kiện:
-
Có C/O hợp lệ.
-
Hàng hóa phù hợp quy tắc xuất xứ của hiệp định.
-
Thông tin trên C/O trùng khớp với tờ khai hải quan.
Tranh chấp thường gặp:
-
C/O bị sai, thiếu, hoặc không hợp lệ.
-
Nghi vấn gian lận xuất xứ.
-
Không chứng minh được nguồn gốc nguyên liệu.
-
Cơ quan hải quan bác ưu đãi, áp thuế MFN cao hơn.
3. Các trường hợp doanh nghiệp được giảm thuế nhập khẩu – xuất khẩu
Giảm thuế là cơ chế hỗ trợ doanh nghiệp khi hàng hóa nhập khẩu bị thiệt hại hoặc không còn đáp ứng mục đích sử dụng ban đầu. Tuy không phổ biến như miễn thuế hay hoàn thuế, nhưng giảm thuế lại là nhóm thủ tục doanh nghiệp dễ xảy ra tranh chấp do yêu cầu chứng minh thiệt hại khá chặt chẽ.

3.1. Giảm thuế khi hàng hóa bị tổn thất, hư hỏng trong quá trình vận chuyển
Doanh nghiệp có quyền yêu cầu giảm thuế nhập khẩu đối với phần giá trị bị tổn thất nếu hàng hóa:
-
Hư hỏng do sự cố khách quan
-
Ảnh hưởng bởi thiên tai, hỏa hoạn, bão, ngập
-
Tổn thất trong quá trình bốc dỡ, lưu kho, vận chuyển quốc tế
Điều kiện để được giảm thuế:
-
Có chứng thư giám định tổn thất từ tổ chức giám định độc lập.
-
Có biên bản xác nhận của hãng vận chuyển hoặc bảo hiểm (nếu có).
-
Chứng minh được thiệt hại không do lỗi của doanh nghiệp.
Vì sao phát sinh tranh chấp?
-
Tỷ lệ tổn thất doanh nghiệp kê khai không trùng với kết quả giám định.
-
Hải quan không công nhận thiệt hại do không đủ căn cứ.
-
Doanh nghiệp không cung cấp chứng từ đúng thời hạn.
3.2. Giảm thuế hoặc không phải nộp thuế đối với hàng hóa phải tái xuất
Nếu hàng hóa nhập khẩu không đúng chất lượng, quy cách, chủng loại, doanh nghiệp có quyền:
-
Tái xuất lại cho nhà cung cấp, hoặc
-
Trả lại hàng để đổi mới
Trong trường hợp này, doanh nghiệp được:
-
Giảm số thuế phải nộp, hoặc
-
Không phải nộp thuế nếu tái xuất toàn bộ hàng hóa.
Điều kiện:
-
Hàng chưa được sử dụng tại Việt Nam.
-
Có biên bản xác nhận hàng không phù hợp hợp đồng.
-
Tái xuất trong thời gian quy định và khai báo chính xác.
Tranh chấp thường xảy ra khi:
-
Hải quan cho rằng hàng đã sử dụng hoặc không còn nguyên trạng.
-
Doanh nghiệp tái xuất quá thời hạn.
-
Không chứng minh được trách nhiệm của nhà cung cấp.
3.3. Giảm thuế đối với hàng hóa bị tiêu hủy do không đảm bảo an toàn
Một số loại hàng hóa phải tiêu hủy theo quy định an toàn, như:
-
Thực phẩm hỏng
-
Hóa chất không còn đạt tiêu chuẩn
-
Hàng quá hạn sử dụng
Doanh nghiệp được giảm thuế tương ứng phần giá trị hàng hóa bị tiêu hủy nếu:
Điều kiện:
-
Có quyết định buộc tiêu hủy từ cơ quan chức năng.
-
Có biên bản tiêu hủy đúng quy trình.
-
Có giám sát của cơ quan hải quan hoặc tổ chức được chỉ định.
Lý do dễ tranh chấp:
-
Không chứng minh được nguyên nhân hư hỏng.
-
Hồ sơ tiêu hủy không minh bạch.
-
Hải quan nghi ngờ tiêu hủy không đúng thực tế.
3.4. Giảm thuế khi hàng hóa nhập khẩu phục vụ dự án đặc thù
Một số dự án đặc biệt (như ODA, an ninh – quốc phòng, dự án ưu đãi đầu tư) được cân nhắc giảm thuế theo từng trường hợp.
Rủi ro phát sinh:
-
Thiếu căn cứ chứng minh dự án thuộc diện hỗ trợ.
-
Mâu thuẫn giữa quy định pháp luật và hợp đồng dự án.
=> Tóm lại:
Các thủ tục giảm thuế tuy ít xảy ra nhưng lại có tỷ lệ tranh chấp cao do yêu cầu giám định thiệt hại và chứng từ chứng minh rất nghiêm ngặt. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ đầy đủ ngay từ đầu để tránh bị bác giảm thuế hoặc bị truy thu thuế sau kiểm tra.
4. Các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế nhập khẩu – xuất khẩu
Hoàn thuế là một trong những thủ tục quan trọng giúp doanh nghiệp giảm chi phí và tối ưu dòng tiền khi hoạt động xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, đây cũng là nhóm hồ sơ dễ xảy ra tranh chấp nhất do yêu cầu về chứng từ, quy trình đối chiếu và điều kiện áp dụng rất chặt chẽ. Dưới đây là các trường hợp doanh nghiệp được hoàn thuế theo quy định hiện hành.
4.1. Hoàn thuế khi đã nộp thừa thuế nhập khẩu – xuất khẩu
Doanh nghiệp được hoàn lại phần thuế đã nộp thừa trong các trường hợp:
-
Khai sai trị giá hải quan dẫn đến nộp thuế cao.
-
Sai mã HS khiến thuế suất tính sai.
-
Nhầm lẫn khi kê khai số lượng, đơn giá.
-
Nộp thuế 2 lần do lỗi hệ thống.
Tranh chấp thường phát sinh khi:
-
Hải quan cho rằng khai sai là cố ý, không được hoàn.
-
Thiếu chứng từ giải trình lý do nộp thừa.
-
Doanh nghiệp nộp hồ sơ muộn so với thời hạn cho phép.
4.2. Hoàn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu nhưng không sử dụng hoặc còn dư
Khi doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng:
-
Không sử dụng hết, hoặc
-
Không sử dụng do hủy đơn hàng, đổi kế hoạch sản xuất
thì có thể đề nghị:
-
Hoàn thuế đối với phần còn tồn kho, hoặc
-
Không phải nộp thuế nếu thực hiện tái xuất nguyên liệu.
Điều kiện hoàn thuế:
-
Có sổ sách chứng minh tồn kho.
-
Kiểm kê nguyên liệu còn nguyên trạng.
-
Có hợp đồng, chứng từ liên quan đến việc hủy đơn hàng (nếu có).
Nguyên nhân tranh chấp:
-
Hải quan không chấp nhận số liệu tồn kho.
-
Thiếu chứng từ chứng minh nguyên liệu chưa bị sử dụng.
-
Không lập báo cáo quyết toán theo đúng định mức.
4.3. Hoàn thuế khi hàng hóa nhập khẩu phải tái xuất
Các trường hợp tái xuất được hoàn thuế gồm:
-
Hàng không đạt chất lượng.
-
Hàng không đúng mẫu mã, chủng loại theo hợp đồng.
-
Bên mua từ chối nhận hàng.
-
Hàng nhập khẩu bị lỗi kỹ thuật.
Yêu cầu:
-
Hàng hóa phải được tái xuất toàn bộ.
-
Hàng chưa sử dụng tại Việt Nam.
-
Tái xuất đúng thời hạn và mở tờ khai tái xuất theo quy định.
Rủi ro tranh chấp:
-
Doanh nghiệp bị cho là đã sử dụng một phần hàng hóa.
-
Chứng từ chứng minh lý do tái xuất không đầy đủ.
-
Thông tin giữa hợp đồng – biên bản kiểm tra – hóa đơn không đồng nhất.
4.4. Hoàn thuế theo ưu đãi của các Hiệp định thương mại tự do (FTA)
Khi doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa nhưng sau đó xuất khẩu sản phẩm dùng chính nguyên liệu đó, có thể được hoàn lại phần chênh lệch thuế nhập khẩu theo quy tắc hoàn thuế ưu đãi của các FTA.
Ngoài ra, một số trường hợp được hoàn thuế do:
-
C/O hợp lệ được nộp bổ sung đúng thời hạn
-
Điều chỉnh xuất xứ theo quy tắc của hiệp định
Tranh chấp thường gặp:
-
C/O bị nghi ngờ giả mạo hoặc không hợp lệ.
-
Doanh nghiệp không chứng minh được tỷ lệ sử dụng nguyên liệu theo quy tắc xuất xứ.
-
Khác biệt giữa hồ sơ thực tế và hồ sơ khai báo.
4.5. Hoàn thuế đối với hàng hóa tạm nhập – tái xuất
Trong trường hợp hàng hóa tạm nhập để:
-
Trưng bày
-
Thi công công trình
-
Cho thuê – mượn
-
Dự hội chợ
Nếu thực hiện tái xuất đúng thời hạn và đúng mục đích, doanh nghiệp sẽ được hoàn lại toàn bộ thuế nhập khẩu đã nộp.
Vướng mắc dễ xảy ra:
-
Tái xuất chậm hơn thời hạn cho phép.
-
Không có biên bản bàn giao – tái xuất rõ ràng.
-
Hồ sơ mục đích tạm nhập không đủ mạnh để được chấp nhận.
=> Lưu ý quan trọng:
Hoàn thuế là thủ tục được kiểm tra rất kỹ và có thể bị bác bất kỳ lúc nào nếu hồ sơ không rõ ràng. Doanh nghiệp nên chuẩn bị đầy đủ:
-
Hồ sơ hải quan
-
Hóa đơn chứng từ
-
Chứng từ thanh toán quốc tế
-
Biên bản đối chiếu nguyên liệu – thành phẩm
để tránh bị truy thu hoặc bác hoàn thuế.
5. Quy trình khiếu nại – khởi kiện trong tranh chấp thuế nhập khẩu, xuất khẩu
Khi phát sinh tranh chấp về miễn thuế, giảm thuế hoặc hoàn thuế nhưng doanh nghiệp và cơ quan hải quan không tìm được tiếng nói chung, doanh nghiệp có quyền thực hiện khiếu nại hoặc khởi kiện theo đúng quy định. Đây là bước quan trọng để bảo vệ quyền lợi, tránh thất thu tài chính và đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu diễn ra ổn định.

5.1. Bước 1: Khiếu nại lần đầu đến cơ quan hải quan
Doanh nghiệp gửi đơn khiếu nại lần đầu đến chính cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế hoặc từ chối miễn, giảm, hoàn thuế.
Nội dung đơn khiếu nại cần có:
-
Thông tin doanh nghiệp
-
Nội dung quyết định đang bị khiếu nại
-
Căn cứ pháp lý chứng minh yêu cầu
-
Tài liệu kèm theo (hợp đồng, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán, CO, chứng từ vận tải…)
Thời hạn giải quyết: 30–45 ngày tùy vụ việc.
Nếu kết quả giải quyết không thỏa đáng, doanh nghiệp có thể tiếp tục khiếu nại lần hai.
5.2. Bước 2: Khiếu nại lần hai lên Tổng cục Hải quan hoặc Bộ Tài chính
Trong trường hợp doanh nghiệp không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu, có thể gửi đơn khiếu nại lần hai đến:
-
Tổng cục Hải quan, hoặc
-
Bộ Tài chính (tùy thẩm quyền từng loại tranh chấp).
Thời hạn giải quyết: 45–60 ngày.
Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai là chung thẩm trong nội bộ hành chính. Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn có quyền khởi kiện ra tòa nếu tiếp tục không đồng thuận.
5.3. Bước 3: Khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án
Nếu cả hai cấp khiếu nại đều giải quyết không phù hợp hoặc cơ quan nhà nước không giải quyết đúng thời hạn, doanh nghiệp có quyền:
-
Khởi kiện vụ án hành chính, yêu cầu Tòa án hủy quyết định ấn định thuế, quyết định từ chối miễn/giảm/hoàn thuế và buộc hoàn trả số tiền thuế đã nộp.
Tòa án có thẩm quyền:
-
Tòa án nhân dân cấp tỉnh nơi cơ quan hải quan đóng trụ sở.
Doanh nghiệp cần chuẩn bị:
-
Đơn khởi kiện
-
Toàn bộ hồ sơ xuất nhập khẩu
-
Kết quả giải quyết khiếu nại
-
Các tài liệu chứng minh quyền được miễn/giảm/hoàn thuế.
5.4. Doanh nghiệp có nên tự xử lý hay thuê luật sư?
Tranh chấp thuế xuất nhập khẩu thường có tính kỹ thuật cao liên quan đến:
-
Mã HS
-
Xuất xứ hàng hóa
-
Thuế suất
-
Chính sách ưu đãi theo FTA
-
Hồ sơ chứng minh miễn/hoàn thuế
Vì vậy, doanh nghiệp nên:
-
Tham vấn luật sư thuế – hải quan để soát xét hồ sơ trước khi khiếu nại.
-
Ủy quyền luật sư tham gia trong quá trình làm việc với hải quan hoặc trước tòa để tăng khả năng thành công.
6. Các lỗi doanh nghiệp thường mắc phải khi xin miễn, giảm hoặc hoàn thuế nhập khẩu – xuất khẩu
Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp bị từ chối ưu đãi thuế hoặc hoàn thuế không phải vì hàng hóa không đủ điều kiện, mà chủ yếu do lỗi trong quá trình chuẩn bị hồ sơ hoặc hiểu sai quy định. Dưới đây là những sai sót phổ biến khiến doanh nghiệp dễ rơi vào tranh chấp thuế XNK.
6.1. Khai sai mã HS dẫn đến áp sai thuế suất
Mã HS quyết định mức thuế suất, điều kiện miễn thuế và chính sách quản lý hàng hóa. Các lỗi phổ biến gồm:
-
Khai mã HS theo thói quen từ lô hàng cũ.
-
Không cập nhật biểu thuế ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định FTA mới.
-
Không có tài liệu chứng minh tính chất hàng hóa để bảo vệ mã HS đã khai.
Khi cơ quan hải quan ấn định lại mã HS với mức thuế cao hơn, doanh nghiệp dễ bị truy thu và bị xem là khai sai, dẫn đến tranh chấp kéo dài.
6.2. Không chứng minh được xuất xứ hàng hóa (CO) hợp lệ
Đây là nguyên nhân hàng đầu khiến doanh nghiệp bị từ chối ưu đãi thuế theo FTA.
Các lỗi thường gặp:
-
CO nộp muộn, sai mẫu, sai Form.
-
Thông tin trên CO không khớp với invoice, packing list, vận đơn.
-
CO có dấu hiệu tẩy xóa hoặc không xác thực được.
-
Không hiểu rõ quy tắc xuất xứ (WO, RVC, CTC…).
Chỉ một chi tiết nhỏ sai lệch cũng đủ để hải quan bác ưu đãi thuế và buộc doanh nghiệp nộp thuế theo mức MFN hoặc ưu đãi thông thường.
6.3. Hồ sơ hoàn thuế thiếu chứng từ hoặc lập không đúng quy định
Hồ sơ hoàn thuế XNK thường phức tạp, gồm hàng loạt chứng từ như tờ khai, thanh toán quốc tế, báo cáo quyết toán, định mức, phiếu xuất kho, bảng kê hàng hóa…
Doanh nghiệp dễ mắc lỗi:
-
Thiếu chứng từ quan trọng (như chứng từ thanh toán — bắt buộc).
-
Lập định mức tiêu hao không chính xác.
-
Không chứng minh được hàng hóa thực tế đã xuất khẩu.
-
Không chứng minh được nguyên liệu nhập khẩu đã được sử dụng cho đơn hàng xuất khẩu tương ứng.
Những sai sót này khiến hồ sơ bị trả lại hoặc bị từ chối hoàn thuế.
6.4. Nộp hồ sơ quá thời hạn
Luật thuế XNK có thời hạn rõ ràng về:
-
Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế
-
Thời hạn nộp bổ sung chứng từ
-
Thời hạn khiếu nại
Việc nộp muộn 01 ngày cũng có thể khiến doanh nghiệp mất quyền hoàn thuế, mất quyền khiếu nại hoặc bị áp mức thuế không có ưu đãi.
6.5. Không lưu trữ hồ sơ theo đúng quy định
Doanh nghiệp thường thiếu thói quen:
-
Lưu trữ hồ sơ theo từng lô hàng
-
Lưu dữ liệu điện tử đồng bộ với chứng từ giấy
-
Lưu chứng từ thanh toán quốc tế đầy đủ
Khi xảy ra tranh chấp, việc không cung cấp được chứng từ gốc sẽ khiến doanh nghiệp yếu thế.
6.6. Không có bộ phận chuyên trách hoặc không cập nhật luật thường xuyên
Chính sách thuế và quy định hải quan thay đổi liên tục theo:
-
Hiệp định thương mại mới
-
Biểu thuế XNK mới
-
Quy định về CO, kiểm tra sau thông quan
-
Thay đổi công nghệ như hóa đơn điện tử quốc tế, tờ khai số
Thiếu cập nhật làm doanh nghiệp khai sai, nộp sai hoặc không tận dụng được ưu đãi thuế.
Xem thêm: https://luattamduc.vn/luat-doanh-nghiep-va-thanh-lap-cong-ty-cam-nang/
Văn phòng Luật sư Châu Đốc – Chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh
📍 Địa chỉ: 92/49/7/20 Nguyễn Thị Chạy, khu phố Chiêu Liêu, Phường Dĩ An, Thành phố Hồ Chí Minh.
📞 Điện thoại: 0987 79 16 32
✉️ Email: luattamduc.law@gmail.com
🌐 Website: luattamduc.vn
📘 Facebook: Luật sư Dân sự
🎵 TikTok: @luatsutuvantphcm
📍 Google Maps: Xem bản đồ
🕐 Thời gian làm việc: Thứ 2 – Thứ 7 (8:00 – 17:00)

